Durant l’été 2018, le FCR parvient à obtenir une convention d’occupation auprès de la Métropole Rouen Normandie, ce qui lui permet désormais de jouer au stade Robert-Diochon en toute tranquillité malgré les relations très difficiles avec Quevilly. Malgré quelques résultats encourageants, celui-ci ne parvient pas à redresser le club, qui est relégué en Ligue 2 à la fin de la saison. Les féminines évoluent depuis la descente en R1 sur les terrains d’entraînements du club, au stade Pierre Lefrançois situé derrière le stade Robert-Diochon. Article détaillé : Stade Robert-Diochon. Le dernier derby en date (le 96e en championnat), le 6 mars 2004 au stade Robert-Diochon de Rouen, s’achève sur la victoire 4-0 des Rouennais, mais ce succès n’empêche pas leur relégation en fin de saison. Ce but marqué à la soixante-quinzième minute offre la victoire à Lille et, combiné au match nul de Paris contre Monaco (0-0) et à la lourde défaite de Rennes à Marseille (4-0), permet au club de se qualifier pour le troisième tour de qualification de la Ligue Europa. Dès la deuxième minute de la rencontre, Cheick Traoré laisse partir dans son dos Gradel qui ouvre le score d’un tir puissant en lucarne. À l’issue de la saison, qui voit le club retrouver le National, maillot de l inter le bilan comptable du club laisse apparaître des capitaux propres négatifs à hauteur de 600 000 euros et 900 000 euros de dettes.

Le résident principal dès lors devient le club du Quevilly-Rouen Métropole. Malgré deux premières saisons en DH difficile au niveau des affluences avec une moyenne de 300 spectateurs, la saison 2015-2016 marque un tournant puisque avec la création du QRM, les supporters reviennent à Diochon pour supporter le FCR et montrer leur attachement envers le club et montrer que le FC Rouen est le club le plus populaire de la métropole rouennaise. Le 1er juillet 2015, la ville de Rouen cède les installations du stade Robert Diochon à la Métropole Rouen Normandie. Depuis le début de la saison 2015-2016, les différentes entités ont décidé de se regrouper dans le Bloc H (bloc historique du supporterisme rouennais) pour raviver une ferveur et prouver aux dirigeants de l’USQRM que le FC Rouen n’est pas mort. Et puis, à partir de la fin janvier, le Stade rennais marque le pas. Au match suivant à Prague, les coéquipiers du capitaine Mavuba réalisent un gros score 1-5, grâce notamment à trois buts marqués en fin de match. Or, l’Olympique de Marseille commence mal sa saison et le match OM-ASSE du 13 octobre 1968 est vue comme un « grand coup » réalisé par l’ASSE à la suite de sa victoire 0-3 au stade Vélodrome.

L’équipe, entraînée par Julien Stéphan, et agrémentée notamment du buteur M’Baye Niang et du milieu Eduardo Camavinga, atteint la première place après trois journées, grâce à sa victoire sur le Paris Saint-Germain. La Mairie de Rouen engage d’importants travaux en juillet 2003 : pour répondre aux nouvelles normes de sécurité, les tribunes Nord et Sud (derrière les buts) sont rasées pour laisser place à des structures tubulaires, tandis que la tribune d’honneur est rouverte le 6 mars 2004 à l’occasion du derby contre Le Havre, portant la capacité du stade à 12 018 places. Mais le club plonge sportivement, et la tribune d’honneur est fermée en 1999 sur décision de la commission de sécurité. Malgré la vente de Carlos Bianchi au Paris Saint-Germain à l’intersaison, le club connaît cependant bientôt d’importantes difficultés financières, d’autant que les résultats pâtissent du départ du buteur argentin. Malgré ces dépôts de bilan, le club garde une infrastructure et des habitudes de club professionnel, et donc un budget relativement important, qui est source de déficits. Néanmoins, depuis la création de l’USQRM, la rivalité entre les deux clubs a pris un nouveau virage puisque désormais les supporters du FCR affichent un rejet total pour ce club qui a pris possession du stade Diochon durant l’été 2015 provoquant beaucoup de réactions au sein des supporters rouennais et créant un nouvel engouement derrière le Football Club de Rouen.

Depuis la dégringolade sportive des Rouennais du milieu des années 1990, les deux clubs ne se sont plus affrontés, à l’exception de la saison 2003-2004 en Ligue 2, aux côtés du Stade Malherbe Caen, le troisième « grand » club normand. Kollectif Indépendant Rouennais (KIR), fondé au moment de la remontée du club en Ligue 2 en 2003. Ce dernier, situé en tribune sud, est mis en cause lors d’un incident lors d’un match à Dunkerque en 2008 et arrête progressivement ses activités de groupe quelques mois plus tard. Les deux rencontres entre le FCR et la réserve de l’USQRM en DH déchaînent les passions puisque lors du match aller, 1 500 spectateurs se rendent à Diochon en novembre 2015 puis 1 400 au match retour au stade Lozai rappelant les plus grandes heures des derbys entre le FC Rouen et l’US Quevilly. Article détaillé : Football Club de Rouen 1899 (féminines).

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